Kad netko spomene Naturu Jaderu, odmah pomislimo na zaštitu prirodnih vrijednosti, što je ujedno i prva od aktivnosti kojima se bavi ova institucija koja djeluje na području Zadarske županije. Ona upravlja s 13 zaštićenih dijelova prirode i područjima europske ekološke mreže Natura 2000, osim područjima koja su unutar granica NP Paklenica i PP Telašćica, Vransko jezero i Velebit, za koja su nadležni nacionalni parkovi.

Uz vođenje bitnih aktivnosti, ustanova Natura Jadera priprema i provodi europske projekte kako bi dodatno osigurala sredstva, infrastrukturu, edukacije i promocije u sklopu zaštićenih i Natura 2000 područja. Trenutno je u provedbi šest projekata na kojima sudjeluje: DINALPCONNECT (Transboundary ecological connectivity of Alps and Dinaric mountains), POSEBMED2, „Centar izvrsnosti - Cerovačke špilje održivo upravljanje prirodnom baštinom i krškim podzemljem", „Coordinated wetland managment in Italy - Croatiacross border region (Crew)", „AMOR - Aktivni mladi za održivi razvoj" i „Dubrava - Hanzina".

Projekt „DINALPCONNECT (Transboundary ecological connectivity of Alps and Dinaric mountains)" osmišljen je s ciljem analize i poboljšanja ekološke povezanosti alpskog i dinarskog područja. Ekološka povezanost omogućuje i potiče procese poput protoka gena, migracija i raspršivanja živućih organizama, a njezina je važnost sve izraženija u odnosu na postojeće pritiske uzrokovane ljudskim i drugim djelovanjem, poput fragmentacije staništa i klimatskih promjena. Pilot-područje za Zadarsku županiju je Natura 2000 područje Lisac, ekološki zanimljivo područje suhih travnjaka s ogromnim socio-ekonomskim potencijalom.

Projekt POSBEMED2 prvi put okuplja ključne dionike u upravljanju obalnim područjem duž Mediterana kako bi zajedno provodili aktivnosti za održivo upravljanje krajobrazom morske cvjetnice posidonije i plažama koje imaju naplavine posidonije, a nalaze se u zaštićenim i Natura 2000 područjima. Za područje Zadarske županije odabran je lokalitet plaže Sakarun, koja je dio zaštićenog lokaliteta značajnog krajobraza Sjeverozapadnog dijela Dugog otoka.

Ova institucija kao partner, u suradnji s nositeljem projekta Javnom ustanovom Park prirode Velebit te partnerima Zadarskom županijom i Zagrebačkim speleološkim savezom, provodi projekt „Centar izvrsnosti Cerovačke špilje - održivo upravljanje prirodnom baštinom i krškim podzemljem". Opći je cilj projekta pridonijeti održivom korištenju prirodne resursne osnove, očuvanju okoliša i zaštiti prirodne baštine jačanjem modela održivog upravljanja zaštićenim područjima Republike Hrvatske i Europske unije, čime se ujedno pridonosi održivom društveno-gospodarskom razvoju u jadranskoj regiji razvojem i diversifikacijom turističke ponude.

Natura Jadera partner je i na projektu „CREW (prekogranična suradnja Italija - Hrvatska": zajedničko upravljanje zaštićenim močvarnim područjima), sufinanciranom s 85 posto sredstava iz programa Interreg V-A Italija-Hrvatska, iz prioritetne osi za zaštitu i obnovu bioraznolikosti. U sklopu projekta osnovat će se stručni tim za praćenje podataka o ekosustavu u obalnim vlažnim (močvarnim) područjima i tako će se pridonijeti unaprjeđenju zaštite njihove biološke raznolikosti. Za područje Zadarske županije oprema za mjerenje bit će postavljena u posebnom ornitološkom rezervatu Veliko i Malo blato na otoku Pagu.

„AMOR - Aktivni mladi za održivi razvoj" projekt je čiji program sufinancira Ured za udruge Vlade Republike Hrvatske. Nositelj je projekta Udruga za promicanje ekološke proizvodnje hrane, zaštite okoliša i održivog razvoja „Eko Zadar", dok su partneri Osnovna škola „Petar Zoranić" Nin i Natura Jadera. Područje provedbe projekta je Zadarska županija (Nin, Vrsi i Zadar). Projekt „AMOR - Aktivni mladi za održivi razvoj" bavi se promicanjem obrazovanja za održivi razvoj među djecom i mladima. 

Projektom „Dubrava - Hanzina" uredit će se i uspostaviti poučna staza u posebnom rezervatu šumske vegetacije na otoku Pagu, lokalitetu kojim upravlja Natura Jadera. Osnovna namjena poučne staze bit će edukacija i informiranje javnosti o šumi, održivom gospodarenju šuma te zaštiti šuma i prirode. 

Osim europskih projekata koje provodi ili na kojima sudjeluje, Natura Jadera kontinuirano se brine o svim svojim lokalitetima za koje je nadležna. Nedavno su obnovljene promatračnice i obližnji okoliš na otoku Pagu. Zanimljiv projekt odrađen je na plaži Sakarun, gdje je kipar Mateo Kaćunić izradio kornjaču koja je izložena na toj plaži kao dio akcije osvještavanja negativnog utjecaja jednokratne plastike na živi svijet našega mora sa sloganom „Refuse, reduce, reuse, recycle!"

Ovo je tek manji dio akcija koje se kontinuirano provode u sklopu područja djelovanja ustanove Natura Jadera.